Kraj Drugoga svjetskog rata (1945) donosi krah za NDH i označava početak šeste etape u razvoju bugarsko-hrvatskih odnosa. Politička situacija nakon kraja rata negativno utječe na bugarsko-hrvatske veze. Budući da Hrvatska ulazi u sastav socijalističke i federativne Jugoslavije, te se veze trajno transformiraju u bugarsko-jugoslavenske veze, što izaziva vidljivo opadanje u njihovu intenzitetu. Neovisno o činjenici da tradicionalna naklonost i dalje postoji i u bugarskom i u hrvatskom društvu, proces stagnacije stoljetne duhovne bliskosti između dvaju naroda počinje se osjećati u svim sferama života – političkoj, kulturnoj i ekonomskoj. Odgovornost za to nosi ne samo politička konjunktura već i jaka centralizacija društvenog i kulturnog života u SFRJ te usredotočivanje na glavni grad, Beograd. Proces udaljavanja dvaju naroda produbljuje se politikom vladajućih totalitarnih komunističkih režima u Beogradu i Sofiji. Taj je proces u krajnosti, doveo dva naroda do stanja nepoznavanja »drugog«, iako negativne tendencije ipak nisu uspjele izbrisati simpatiju taloženu stoljećima.
U novonastaloj situaciji, nepogodnoj za bugarsko-hrvatske veze, upravo ta simpatija postala je osnova uspostavljanja suradnje između bugarske (ponajprije iz Makedonije) i hrvatske emigracije u SAD-u i Kanadi. Za razliku od tih političkih veza, znanstvene i kulturne veze gotovo su u potpunosti poprimile oblik osobnih kontakata. Za to razdoblje karakteristična je tvrdnja da sada (iako vrlo sporo) Bugari započinju pokazivati veći interes prema Hrvatima, iako taj interes često poprima oblik interesa prema »Jugoslavenima«. Hrvatska je autonomna republika u okvirima SFRJ, ali za razliku od autonomne Hrvatske u Austro-Ugarskoj, nije u situaciji razvijati samostalnu znanstvenu i kulturnu politiku. Te aktivnosti, kao što smo već spomenuli, silno su centralizirane i oprezno ih nadgleda vlast u Beogradu. Hrvati, koji su u sastavu Habsburške Monarhije stvorili ideju južnoslavenskog ujedinjenja i ideologiju južnoslavizma, duboko su razočarani realizacijom svoje nekadašnje ideje i zgroženi su njezinim deformacijama u okviru Kraljevine Jugoslavije i SFRJ. Nastojeći preživjeti kao nacija, okrenuli su leđa jugoslavenstvu i kao katolici sve su se više okretali Zapadnoj Europi, sve su više gubili interes prema Južnim Slavenima i balkanskim narodima, a što znači i prema Bugarima.
