Razvoj Sveučilišta od početka devedesetih godina i njegove radne značajke kao cjeline mogli bi odrediti kao plod odnosa domaćega i međunarodnoga iskustva njegovih vodstava, poznavanja međunarodne akademske prakse i starije hrvatske akademske tradicije, te odgovornosti prema dužnosti koja se obavlja.
Kad su posrijedi idejna rješenja i strategije, prvo u nizu bilo je idejno rješenje razvoja Sveučilišta u Zagrebu naslovljeno Hrvatsko sveučilište za XXI. Stoljeće. Predloženo alternativno rješenje u svim je segmentima predviđeno za integrirano sveučilište, tako da je ta studija dala uvid u odnos mogućnosti koje sveučilištu kao cjelini, ali i svakomu od njegovih segmentu. To je idejno rješenje praktički slijedilo primjere europske dobre prakse. Idući dokument o razvojnoj strategiji Sveučilišta u Zagrebu, nazvan Iskorak 2001. i u polazištima sukladan idejnomu rješenju iz 1998., donesen je temeljem rasprava velikoga broja profesora i studenata. Deklaracija koju je taj forum donio istaknula je kao prioritete uspostavu standardne sveučilišne autonomije, brigu o osiguravanju vrhunske kvalitete akademskoga razvoja, jedinstvo nastave i znanstveno-istraživačke djelatnosti, novo partnerstvo s gospodarstvom te izgradnju optimalnih zakonskih uvjeta zajedno s državnom vlasti za provedbu navedenih ciljeva.
Početkom XXI. stoljeća najveći dio napora europskih sveučilišta bio je usmjeren k pripremama za početak studiranja u skladu s načelima Bolonjske deklaracije te za funkcioniranje svih ostalih segmenata složenoga mehanizma Europskoga prostora visoke naobrazbe koji danas postoji i uspješno prati takvu akademsku praksu. Sveučilište u Zagrebu na sjednici Senata 1999. odlučilo je uvesti europski sustav prijenosa bodova (European Credit Transfer System – ECTS). Zahvaljujući sredstvima dobivenima za pripremu za Bolonjski proces i tada tek otvorenih mogućnosti akademskoga umrežavanja izvan klasičnih asocijacija sveučilišta, Sveučilište u Zagrebu se počelo sustavno pripremati za te promjene: 2001. godine pismeno je obavijestilo svoje sastavnice o Bolonjskoj deklaraciji, odnosno o svim elementima toga velikoga preokreta u europskom visokom školstvu u svrhu harmonizacije na razini EHEA. Zatim je organiziralo velik broj seminara, radionica i studijskih putovanja te objavilo nekoliko publikacija kojima je približavalo svojim sastavnicama (njihovim upravama, nastavnicima i službama) te središnjim službama Sveučilišta pojedine aspekte te sveeuropske reforme visokoga školstva i bitne komponente europskih integracija. Naglašavalo se potrebu komparabilnosti i kompatibilnosti studija na Sveučilištu u Zagrebu s homolognim studijima na europskim sveučilištima. Počela je jačati svijest da se u europski prostor visoke naobrazbe uključuje jedino preko matičnoga sveučilišta kao cjeline i da valja jačati integrativne silnice koje će u budućnosti omogućiti kreiranje studijskih programa koji će svojim modernim profilima, veoma često interdisciplinarne naravi, zadovoljiti potrebe tržišta i ići ukorak sa znanstvenim spoznajama.Trebalo je kreirati nove studijske programe, organizirati i provesti pregledavanje novoizrađenih programa na kraju kojega je Povjerenstvo Senatu Sveučilišta u Zagrebu predlagalo usvajanje tih pregledanih programa kao preliminarnih programa. Nakon toga je provedena unutarnja evaluacija programa, između ostaloga i radi racionalizacije i usklađivanja unutar Sveučilišta, imajući na umu nastavnički potencijal za svaki studij, didaktičke uvjete za izvođenje nastave, istovjetnost stručnih naziva i diploma te sličnost studijskih programa. Po završetku toga zadatka na Sveučilištu u Zagrebu je proveden postupak vanjske evaluacije od strane evaluacijskoga tima Europske unije sveučilišta (EUA). U tijeku procesa evaluacije i implementacije novih programa ponovno je došla do izražaja opravdanost smjernica iz ranijih idejnih inicijativa za veću integraciju sveučilišta kao cjeline, a to će biti i vodeća misao svih sljedećih dokumenata te vrste. Ak. god. 2005./2006. započeo je na Sveučilištu u Zagrebu studij po novom ustrojstvu za sve sastavnice, usklađenom s europskim standardima i ciljevima.
Prelaskom hrvatskoga visokoga školstva na bolonjski sustav valjalo je i poslijediplomske studije odnosno stjecanje poslijediplomskih stupnjeva prilagoditi njemu. U skladu s tom reformom, nestao je dotadašnji magistarski studij i znanstveni stupanj »magistar znanosti«, a novim sustavom predviđena je mogućnost jednogodišnjih i dvogodišnjih specijalističkih studija te doktorski studiji.
Izvor: Marijana Polić Bolić. Idejna rješenja i strategije, pripreme za reformu studija po načelima Bolonjske deklaracije i njezina provedba. U: Sveučilište u Zagrebu 350 godina. / gl. ur. M. Polić Bolić. Zagreb, 2019., str. 97-104.