Sveučilište u Zagrebu u trenutku ključnih političkih promjena na početku devedesetih godina prošloga stoljeća kada se uvodilo višestranačje i stvarala neovisnost Republike Hrvatske, prvi put od svojega utemeljenja zajedno s cijelim narodom i svim njegovim institucijama, našlo se u vlastitoj državi. To je odjednom značilo, kako je slikovito u nastupnom govoru rekao rektor Aleksa Bjeliš, da se do vladara koji potvrđuju i jamče sveučilišnu autonomiju i sva posljedična akademska prava i prerogative više ne putuje danima i satima, nego se oni nalaze na deset minuta hoda od Sveučilišta u Zagrebu i pribivaju njegovim svečanim obljetnicama i proslavama Dana Sveučilišta.
U vrijeme osamostaljenja Republike Hrvatske Sveučilište u Zagrebu jedno je od četiriju sveučilišta u Republici Hrvatskoj i ujedno daleko veće od ostalih. Sveučilište u Zagrebu bilo je sve do početka sedamdesetih godina prošloga stoljeća jedino hrvatsko sveučilište i odigralo je ključnu ulogu i u formiranju ostalih sveučilišta i u obrazovanju nacije i nekih drugih nacija uokrug Hrvatske. Ono danas ima 31 fakulteta i tri umjetničke akademije: glazbenu, akademiju dramskih umjetnosti i likovnu akademiju.
U prvim godinama osamostaljenja Republike Hrvatske Sveučilište u Zagrebu našlo se pred zadatkom popravljanja mnogih i mnogovrsnih šteta koje su mu nanošene. Jedan od fakulteta Sveučilišta u Zagrebu danas je ponovno Katolički bogoslovni fakultet (KBF). Taj je fakultet komunistička vlast NR Hrvatske 1952. godine ukinula kao fakultet Sveučilišta u Zagrebu i on je od tada do 1990. godine bio primoran djelovati izvan Sveučilišta.
Ne bi li dalo zamaha istraživanju hrvatske kulturne baštine te opće, društvene i kulturne povijesti, suvremenih procesa, povijesti znanosti u Hrvata i svega što tvori nacionalni identitet, Sveučilište u Zagrebu osnovalo je 1992. godine Hrvatske studije. Posrijedi je, dakle, bila ideja da se u okviru onih disciplina u društvenom i humanističkom području koje pružaju te mogućnosti, inaugurira i razvije istraživanje mnogih tema koje se u Hrvatskoj zbog političkih razloga nametnutih supra-državnim okvirom u kojem je Hrvatska u XX. stoljeću živjela, nije ni spominjalo ni istraživalo ili se njima neznanstveno manipuliralo.
Rektor Zvonimir Šeparović podnio je Znanstveno-nastavnomu vijeću obrazložen prijedlog da se pozove članice Sveučilišta da razmotre ≫… slučajeve progona iz ideologijskih i drugih razloga, posebno teške slučajeve utamničenja i prekida radnih odnosa odnosno prava na studij≪. Sveučilište je tada pozvalo Vladu i Sabor Hrvatske da ≫odlukama koje će imati značaj abolicije ponište sve presude izrečene u političkim procesima od godine 1945. do najnovijeg doba i osiguraju pravičnu naknadu, te da, tamo gdje je to moguće, vrate slučajeve u prijašnje stanje a progonjenima da, ako to žele ili mogu s obzirom na životnu dob i druge okolnosti, omoguće da se vrate na prijašnja ili srodna radna mjesta.≪
Sveučilište u Zagrebu suočilo se, zajedno s cijelom zemljom, u prvoj godini života u neovisnoj Hrvatskoj s ratom protiv tek osamostaljene, i u početku nepriznate Republike Hrvatske. Sveučilište je u tim teškim okolnostima iniciralo mnoge vidove aktivnosti kojima se odupiralo napadu na Hrvatsku i uključilo se u mnoge vidove otpora agresiji i obrani zemlje i to iz samoga središta i sa svojih sastavnica. Prvi koraci bili su pozivi međunarodnoj sveučilišnoj javnosti i svjetskoj javnosti uopće na prosvjed protiv rata protiv Hrvatske, kontakti s partnerskim sveučilištima i kolegama iz svijeta s kojima se surađivalo u međunarodnim profesionalnim udrugama, ali i s hrvatskim profesorima na stranim sveučilištima u tu svrhu. U tom najtežem razdoblju Sveučilište u Zagrebu kao cjelina dalo je doista golem doprinos obrani Hrvatske. U listopadu 1991. izradilo je katalog projekata/usluga (služba) koje mogu povećati obrambenu sposobnost zemlje i ponudilo ga Uredu Predsjednika Republike i Vladi Republike Hrvatske. Neizmjerna je pomoć znanstvenika pružena u ekspertizama samih zločina nad civilnim stanovništvom, medicinskih stručnjaka u otkrivanju ubacivanih izvora bolesti i sl.
Akademske godine 1994./1995. Sveučilište je pokrenulo četverosemestralni interdisciplinarni sveučilišni Studij poslovne informatike nakon kojega se dobivao akademski naziv inženjer poslovne informatike. Godine 1999. u sastav Sveučilišta ulazi Učiteljska akademija, danas Učiteljski fakultet, a od akademske godine 2006/2007. pridružuju se i Visoka učiteljska škola u Čakovcu i Petričnji, kao podružnice Učiteljskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
Izvor: Marijana Polić Bobić. Sveučilište u Zagrebu u Republici Hrvatskoj, U: Sveučilište u Zagrebu 350 godina. / gl. ur. Marijana Polić Bobić. Zagreb, 2019., Str. 90-95.
