Godine 1598. Vrančić se vraća u službu cara Rudolfa II. Postaje savjetnikom za Ugarsku i Transilvaniju te naslovnim biskupom Csanáda. Na čelu je biskupije koja je u to vrijeme većim dijelom pod osmanlijskom okupacijom. Stekavši novi status piše poslanice o ondašnjim društvenim i vjerskim prilikama. Bio je dosljedan borac za katoličku obnovu i protivnik reformacije, smatrajući da je vjerska razjedinjenost na području Ugarske u velikoj mjeri umanjila pomoć kršćanskih zemalja u borbi protiv Osmanlija. O radu Fausta Vrančića u tome razdoblju svjedoče riječi Vrančićeva štićenika, književnika i povjesničara te naslovnoga biskupa bosanskoga,  Tomka Mrnavića koji je zapisao:

Doveo je pastire duša i učitelje među narod koji je do tada bio pritisnut vječnom tiranijom osvajača krivovjernika. Sam je svojom pastirskom riječju zbog nedovoljnog broja katoličkih svećenika obilazio narod, gradove i sela svoga svećeništva i neprestano govorio prema svojoj dužnosti.