Suočen s egzistencijalnim problemima, Lisinski se 1852. godine okreće pravnoj struci i daje zamolbu za mjesto „prislušnika kod Banskog stola“, koji obavlja do svoje smrti. U to vrijeme pisao je i molbu za obavljanje službe aktuara, ali negativan odgovor nikada nije dobio. Zabilježeno je da se njegovo zdravstveno stanje počelo pogoršavati u listopadu 1852., kada se prehladio i dobio groznicu te na kraju vodenu bolest, od koje umire 31. svibnja 1854. u dobi od nepunih 35 godina.

Njegovu „molbenicu“ za mjesto aktuara su odbili (nakon godinu i osam mjeseci), a s obzirom na to da je stigla nakon smrti, nije nikada uručena jer je molitelj bio – nepoznat. Možda najbolje na njegovu situaciju ukazuje posljednji dokument pisan vlastoručno – moli Kazališni odbor za posudbu 100 forinti za koju će založiti upravo partituru prve hrvatske opere Ljubav i zloba.

Smrt Vatroslava Lisinskoga nije imala velikoga odjeka u hrvatskoj javnosti – zabilježene su manje vijesti u nekoliko novina te skromni ispraćaj u Zagrebu. Franjo Kuhač piše da je sprovod bio jednostavan: Četiri pjevača pjevahu prije spomenuto opielo (misli se na skladbu muški sastav Jeder Mensch muss sterben, koju je Lisinski napisao za svoj pogreb, a danas je izgubljena), a tadanji učenik normalni, sadanji vriedni naš glasbotvorac Gjuro Eisenhut, nosio je pri sprovodu mali križ. Bez ikakve svečanosti i bez žalobnoga govora bijaše sahranjen na groblju sv. Roka, gdje mu počivaju također i roditelji, brat i sestra. Danas je Lisinski sahranjen u takozvanoj ilirskoj arkadi na Mirogoju, kamo su mu ostaci preseljeni 1885. u prigodi pedesete obljetnice narodnoga preporoda.