Prvi kontakti Lisinskoga s glazbom započinju u doba srednjoškolskoga obrazovanja. Poznato je da mu je život obilježila fizička indisponiranost – nespretnim padom iščašio je kuk te se cijeloga života morao služiti pomagalima (štakama ili podupiračima) te su ga na glazbenu poduku poticali roditelji kako bi osigurali sinu učiteljsku ili orguljašku službu. Kassowitz-Cvijić o tome piše: Bolesna ta nožica, koja je kasnijeg umjetnika teško teretila, možda bi se izliječila s vremenom, da u roditelji potražili savjesnog liječnika. Po tadanjem uvriježenom običaju, pa po nagovoru iskusnih kumova i susjedica stali su stegno mazati kojekakovim domaćim lijekovima, pa se s vremenom zlo izvrglo u gore. …. boli nijesu nikada posve prestale, već samo na mahove popuštale. (Kassowitz-Cvijić, A. Vatroslav Lisinski u kolu Ilira : o 100. obljetnici njegova rođenja. Zagreb : Tisak Hrvatskog štamparskog zavoda, 1919.)

Prema Klaiću i Kuhaču, Lisinski se počeo baviti glazbom u trećemu ili četvrtomu razredu gimnazije, i to privatnim podukama. Iako nema provjerenih podataka tko mu je bio prvi učitelj, Vjekoslav Klaić navodi da je to bio izvjesni Ivan Reyschil, češki kapelnik i učitelj glazbe koji je podučavao glazbu u Varaždinu i Zagrebu. Pouzdano se zna se da mu je jedan od prvih učitelja bio orguljaš i pijanist češkoga porijekla Juraj Sojka, dok 1837. počinje učiti glazbu kod Jurja (Georga) Karla Wisnera von Morgensterna, učitelja na tadašnjoj glazbenoj školi Musikvereina.