1999. započeo je projekt Hrvatske enciklopedije, šesti takav pothvat na hrvatskome jeziku (prethodno: Hrvatska enciklopedija Ivana Zocha i Josipa Mencina, Hrvatska enciklopedija Mate Ujevića, dva izdanja Enciklopedije Leksikografskoga zavoda i Opća enciklopedija). Hrvatska enciklopedija je opća enciklopedija, temeljno izdanje Zavoda i jedan od središnjih programa nacionalne kulture. Enciklopedija u skladnom omjeru predočuje pojmove raznorodnih disciplina i struka, a osobita je pozornost posvećena etimologiji i izgovoru stranih riječi, položaju hrvatske kulture i hrvatskih naraštaja u bližem i univerzalnom okruženju.
Hrvatska enciklopedija tiskana je u 11 svezaka od 1999. do 2009. godine, a od 2013. izlazi kao mrežno izdanje (enciklopedija.hr), koje se trajno ažurira i nadopunjuje.
